Maximiliano de Habsburgo dispuso un estilo de gobierno opulento, al estilo europeo, que contrastaba con la pobreza del país, es decir,mantuvo lujos, banquetes y fiestas en el remodelado Castillo de Chapultepec, lugar que convirtió en su residencia y despacho. La élite económica y politica mexicana fue cercana a Maximiliano, quien también se apoyó de una elite intelectual y artística con el fin de obtener su respaldo.
El emperador estableció un gobierno centralista dividido y conformado por 50 departamentos, buscó mejorar la recaudación de impuestos para solucionar los problemas económicos y dictó una serie de leyes con la finalidad de modernizar la legislación. Sin embargo,la injerencia del general Forey en su gobierno,el abandono del partido conservador y la resistencia republicana propiciaron que sus medidas no llegaran a ser aplicadas.
Con el propósito de no depender ya del ejército francés, Maximiliano se apoyó en los generales conservadores mexicanos Miguel Miramón,Tomás Mejía y Juan Nepomuceno Almonte, quienes emprendieron, con su aprobación, una campana agresiva y violenta que incluyó abusos a la población, tortura y el fusilamiento de los miembros de la resistencia republicana, la cual se vio agobiada por algunos meses.
En un principio, los republicanos estuvieron dispersos y fueron una fuerza impotente ante la invasión francesa, pues eran ejércitos locales que se mantuvieron en lucha, organizados como guerrillas, en gran parte del país. Estos grupos armados que acompanaron al debilitado ejército republicano estaban conformados por campesinos, afrodescendientes y grupos civiles afines a la República. Sin embargo, durante la guerra se consolidó una identidad republicana asociada a un patriotismo mexicano contrario al Segundo Imperio,lo cual convenció al pueblo de oponer resistencia al invasor.
Por su parte, y para ganarse la opinión publica,Maximiliano intentó introducir en su gabinete a liberales moderados afines a sus ideas; los invitó,incluyendo al presidente Juárez, a formar un gobierno de unidad que acabara con las diferencias y perel pueblo ni respetaba el marco legal republicano.
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