Las principales regiones dedicadas al cultivo de trigo se establecieron en los actuales territorios de Puebla, el valle de México, Toluca, Jalisco,Michoacán, Guanajuato y Zacatecas. En cuanto a la cana de azúcar, se cultivó en lo que actualmente es Cuernavaca, Puebla, Orizaba, Xalapa,Córdoba, Michoacán y, en menor medida, Oaxaca y Chiapas.
La agricultura experimentó otros cambios debido a la introducción de nuevas técnicas de cultivo, como el uso de la yunta, el arado y otros instrumentos que requeran la fuerza de animales como los bueyes y caballos, que habían sido introducidos por los espanoles.
La colonización también trajo consigo la implantación del monocultivo, un sistema de producción agrícola donde se cultiva una única especie en un área determinada, en contraposición a los policultivos practicados por los indigenas, que consistían en la producción de diferentes especies en la misma área.
Aunque las técnicas indigenas como la milpa de policultivo y la chinampa, así como los productos agricolas obtenidos en éstas, no desaparecieron por completo, sí se vieron afectados y reducidos porque los espanoles utilizaron las mejores tierras y la mano de obra necesaria para trabajarlas. Pese a ello, cuatro especies de origen americano fueron fundamentales durante la Colonia: maiz, maguey,frijol y chile.
El maiz se mantuvo como una especie protagónica gracias a su diversidad y adaptabilidad a distintos tipos de suelo y clima, además de la incorporación de las técnicas europeas para su cultivo.Luego, el algodón, el cacao, la vainilla y la grana cochinilla, productos de origen indigena, comenzaron a exportarse, lo que les otorgó una importancia particular y llevó a la Corona espanola a ofrecer incentivos para su cultivo.
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