de mayor impacto en el territorio de los harakbuts. En términos generales, durante la colonia, el sistema de intercambio se desvaneció. Como señala Fuentes (1982), ni la expansión económica ni la misional tuvieron un efecto sobre los harakbuts en los tres siglos de dominio colonial. Cabe resaltar que, durante la colonización inca, por el otro extremo del territorio harakbut, por las cabeceras de los ríos Tambopata e Inambari, las exploraciones tuvieron mejor suerte, quizá porque allí existían lavaderos de oro (Carabaya y San Gabán de Oro). Estas minas siguieron en explotación durante la colonia, pero pronto se agotaron. Finalmente, en 1767,San Gabán del Oro tuvo que ser abandonado por la hostilidad de los nativos.
En el siglo XVI, se realizan varias entradas españolas por el Amarumayo de los incas y el actual río Madre de Dios o E'ori para los harakbuts. Pedro de Candia, Pedro Anzures de Campo Redondo y Alvarez Maldonado realizaron expediciones que resultaron ser unos fracasos rotundos,además de la pérdida de muchisimas vidas por parte de los exploradores.Ello se debe menos a los ataques de los indigenas amazónicos y más a la descabellada forma como fueron concebidas las "entradas", a la desadaptación ambiental, a las enfermedades que contrajeron y a las luchas intestinas que libraron entre ellos.
El primer contacto, realmente devastador se presentó para los harakbuts en 1890 (Gray, 2002, p. 34). En agosto de 1893, Fitzcarrald abrió el camino desde Ucayali al río Madre de Dios, que significó el exterminio de los toyeris, miles de los cuales fueron asesinados o forzados a la esclavitud (Reyna, 1942; Pennano, 1988, citado por Gray, 2002, p. 34). La misma suerte corrieron los arasaeris con las incursiones del barón cauchero Suárez (Rummenhöller, 1984).
Hitos importantes en la historia de interacciones entre los harakbuts y la "civilización" serian el establecimiento de caminos y líneas comerciales por su territorio y por el río de Inambari, así como la terrible época de la explotación del caucho. En esta fase de su existencia, los harakbuts de la subetnia wachiperi controlaban el pongo de Kcoñeq, cerca de Pilcopata;
y los töyöeris, el paso por Vuelta Grande, sobre el Bajo Madre de Dios.Las agresiones contra los toyöeris los llevaron casi a la extinción. Se habla de un exterminio en el asentamiento harakbut, cerca de la desembocadura del río Manu en el río Madre de Dios, donde murieron miles en un dia a manos de las huestes de Fermín Fitzcarrald.
A pesar del exterminio, los harakbuts no fueron controlados como esclavos por los caucheros y mantuvieron amplias zonas de su territorio bajo control hasta 1948. En ese año, los últimos grupos de los harakbuts, minados por las epidemias y cansados por la guerra, ingresaron a la misión de San Miguel del Palotoa, fundada por el padre Alvarez. Los harakbuts son una de las sociedades amazónicas que por más tiempo resistió los embates de la llamada "civilización"cuando esta decidió "pacificarlos"o atacarlos para tener acceso a los recursos naturales de su territorio, usarlos como mano de obra o catequizarlos.

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