Pero la guerra civil continuaba y el gobierno de Benito Juárez creó tres leyes más que se sumarían a las propuestas liberales de la Reforma. Estas leyes, que enfatizaron la separación entre el Estado y la Iglesia, fueron la Ley Orgánica del Registro Civil (1859), la Ley de Nacionalización de los Bienes Eclesiásticos (1859) y la Ley de Libertad de Cultos (1860).
Las tres leyes se centraron en erradicar el poder eclesiástico de la administración pública, ya que se le prohibió a la Iglesia realizar el conteo demográfico y cobrar impuestos, así como liberar los bienes que tenía en el país. También se eliminó el catolicismo como la religión oficial de la nación mexicana y se otorgó el derecho a elegir qué religión profesar.
La nacionalización de los bienes del clero signifi có que las propiedades anteriormente en poder de la Iglesia pasaran a manos del Estado; por lo tanto, la población mexicana con mayores recursos económicos pudo adquirir terrenos que antes pertenecian a la Iglesia.
Esto también contribuyó a que un mayor número de ciudadanos se integrara a las fi las del grupo liberal. Sin embargo, esta ley también implicaba que los pueblos originarios, carentes de recursos para comprar,ya no pudieran ser propietarios de sus tierras, tendrían que volverse jornaleros y ponerse al servicio de quienes habian comprado los terrenos que antes les pertenecian.
Así que se produjeron nuevas formas de privación de derechos para una parte importante de la población. La administración en turno impuso un nuevo orden basado en ciertas ideas que no necesariamente correspondian a la realidad y las necesidades del país. Esta ley también trajo consecuencias para los conservadores, quienes perdieron el apoyo de la Iglesia debido a que ésta vio amenazados sus intereses.
Durante la Guerra de Reforma el pais se polarizó y tuvo gobiernos paralelos, cada uno tratando de consolidar su propio sistema politico; los liberales preferian una república y los conservadores, una monarquia. La falta de acuerdos en un programa nacional de unidad determinó que se llegara a la guerra civil y a la fractura del Estado mexicano.
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