A principios de 1854, en Ayutla, Guerrero, el antiguo insurgente Juan Alvarez se rebeló contra la dictadura de Santa Anna.
Ignacio Comonfort junto con Florencio Villareal y Alvarez proclamaron el Plan de Ayutla. Este pronunciamiento llamó a defender las libertades y terminar la dictadura, entre otros aspectos. La trayectoria de Alvarez, durante la guerra de Independencia en la década de 1810,le otorgó respaldo ideológico y legitimidad politica al movimiento de Ayutla, al cual se incorporaron jóvenes liberales. El segundo al mando fue Ignacio Comonfort.
En Acapulco, Comonfort se puso al frente del ejército rebelde y se movilizó para conseguir armas y recursos, incluso de Estados Unidos. La respuesta del dictador fue violenta: dio la orden al ejército de reprimir a la población para ahuyentar a los simpatizantes y, con ello,detener este movimiento; sin embargo, lejos de disuadir la participación, los excesos de la represión debilitaron el apoyo santanista y favorecieron la causa rebelde.
Para mantenerse en la presidencia, Santa Anna convocó a un plebiscito con el que pretendia justifi car su permanencia en el poder, así como utilizarlo para identif car a los opositores y encarcelarlos. Ante la amenaza hacia su persona, y al ver que el apoyo a la rebelión de Ayutla crecía por todo el pais, Santa Anna optó por huir de México el 9 de agosto de 1855.
Siguiendo las premisas del Plan de Ayutla, se restauraron las libertades y garantías individuales y comenzó un proceso de reconstrucción nacional. Juan Alvarez se convirtió en presidente interino de la República en octubre de 1855, pero renunció en diciembre del mismo ano, y Comonfort asumió la presidencia.
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