La conversión al cristianismo funcionaba por medio de la premiación con tierras y protección para los indigenas a cambio de obediencia. Los que se oponían eran castigados y los que organizaban rebeliones eran ejecutados.
Los jesuitas establecieron misiones en lo que hoy es la península de Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, el norte de Nayarit y partes de Durango y Coahuila. Tras su salida, los dominicos se asentaron en lo que actualmente es el norte de Baja California, mientras que los franciscanos evangelizaron Tamaulipas y Nuevo León, además de que sustituyeron a los jesuitas en la parte sur de Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua,Nayarit, Durango yCoahuila.
Con el paso del tiempo, algunas misiones quedaron en el abandono debido a la propagación de enfermedades traidas de Europa, los ataques de los indigenas que se resistían a la colonización, las condiciones climáticas, las largas distancias o el poco dinero para mantenerlas. En la actualidad, todavia se pueden observar algunas iglesias pertenecientes a dichas misiones y poblaciones que se formaron a partir de éstas.
Las diferencias culturales y lingüísticas entre los distintos grupos en Aridoamérica, Oasisamérica y Mesoamérica generaron una división cultural marcada principalmente por el modo de subsistencia: los mesoamericanos eran productores de alimentos y esto les permitió establecer grandes ciudades y tener una organización social diferenciada por grupos sociales, mientras que las sociedades ubicadas al norte fueron primordialmente recolectoras de alimentos y cazadoras, por lo que no tuvieron un lugar de residencia fijo hasta el surgimiento del área cultural de Oasisamérica. No obstante, estas diferencias culturales no significaron una barrera, pues el comercio y el intercambio económico y cultural estuvieron presentes por mucho tiempo, sin importar las distancias, las condiciones climáticas o las diferencias de organización social.
Debido a las diferencias culturales entre los habitantes de las zonas áridas del norte del pais y las sociedades mesoamericanas, éstos han sido llamados salvajes y rústicos; sin embargo, se debe reconocer su contexto social y ambiental para comprender cómo desarrollaron sus propias culturas y proyectos de civilización.
A lo largo de milenios, las diversas sociedades de Aridoamérica se supieron adaptar al ambiente: unas practicaron la agricultura como medio de subsistencia, y otras continuaron con el milenario modo de vida cazador-recolector. La permanencia de esos grupos nómadas de cazadores-recolectores en un entorno dificil debe verse como un notable logro cultural y no como un atraso en relación con el desarrollo de Mesoamérica.
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