La energía de los biocombustibles proviene de la ruptura de los enlaces químicos de compuestos orgánicos, liberada a través de la combustión. Esta energía de los enlaces se origina en el Sol y\;se\;fija Ien la biomasa mediante la fotosíntesis.
Puede parecer contradictorio que para acceder a la energía de los biocombustibles se requiera la combustión, pero aun así se considera sustentable. La razón radica en cómo, en algunas ocasiones, las plantas, durante su crecimiento,absorben más \mathrm{CO}_{2} del que se libera durante su combustión. La bioenergía se encuentra en una posición cercana a la línea que separa la sustentabilidad de la insostenibilidad. A continuación, se presentan algunas prácticas insostenibles y otras sustentables.
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Prácticas que hacen a la bioenergia:
| insostenible | sustentable |
| Dedicar grandes extensiones de suelo para generar biocombustibles (biodiesel, bioetanol, licor negro). | Uso eficiente de los recursos (biodigestores, estufas eficientes de leña o generación de electricidad). |
| Deforestar para aumentar el área de cultivos energéticos. | Generación de combustible a partir de la recuperación de residuos orgánicos. |
| Degradación del suelo por prácticas de monocultivo intensivo de caña de azúcar, soya y la palma aceitera. | Fomento de los cultivos multipropósito que produzcan alimentos y materia prima para la generación de bioenergia. |
| Baja remuneración por la mano de obra agricola para que la producción de biocombustible sea económicamente viable. | |