La otra gran rebelión indigena, la de los mayas, inició en 1847 y combatieron hasta 19o1. Las comunidades, localizadas en los limites de la zona en que el capital ejercia influencia, fueron construyendo una frontera a la modernización porque crecian las plantaciones de henequén, cana de azúcar y la infraestructura para su transformación a costa de las tierras comunales. En la zona donde comenzaba el territorio maya inició la rebelión, pero más tarde los indigenas se fueron internando en la selva hasta llegar a Chan Santa Cruz, donde surgieron las "cruces parlantes", las cuales dieron un sentido religioso a la rebelión militar. En torno a este símbolo se aglutinó la comunidad maya para defender su territorio, idioma y cultura. La lucha agraria se convirtió en un combate a muerte contra la población blanca y en defensa de la autonomia comunal. La prensa difundió la noticia de que estaban procediendo de la misma manera en diferentes regiones del pais y generó terror entre los hacendados y terratenientes.
Las protestas indigenas y campesinas se debieron a los contenidos mismos de los proyectos decimonónicos que excluian a la mayoria de la poblacion rural de los beneficios de la modernidad.

Acuarela de la guerra de castas,siglo xix. Museo del Pueblo Maya Dzibilchaltún,Yucatán,SECRETARIA DE CULTURA.INAH.COB.MX.