En el mismo sentido, reemplazaron festividades y lugares religiosos prehispánicos por celebraciones y sitios cristianos. También se crearon obras de teatro e imágenes para ensenar la nueva doctrina, lo que resultó en un sincretismo religioso donde se fusionaron creencias, festividades y representaciones divinas católicas y prehispánicas.Como resultado, surgieron santos americanos y festividades en su honor.La evangelización implicó, en cierta medida, la destrucción de la cultura y cosmovisión indigena. Esta perspectiva se basó en la premisa de que el paganismo era inaceptable y debia ser combatido, es decir, la diferencia cultural podia ser eliminada o atenuada.
Algunos frailes se preocuparon por la explotación y sometimiento de los indigenas por parte de los espanoles. Un ejemplo fue fray Bartolomé de las Casas, quien denunció ante la Corona espanola la violencia y los abusos hacia los indígenas pese a las regulaciones que existían a su favor, como las Leyes de Indias. Esta denuncia fue plasmada en su obra Brevisima relación de la destrucción de las Indias.
Además de evangelizar, el clero secular, formado por sacerdotes y obispos, tuvo la tarea de asegurar los ingresos y el dominio económico de la Iglesia mediante la administración de sacramentos y la recaudación del diezmo, es decir, una contribución que pagaban los fieles a la Iglesia correspondiente a la décima parte de sus ganancias. En 1569 fue creado el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de la Nueva Espana,encargado de vigilar y dirigir la moralidad de las personas, así como promover la denuncia ante la desobediencia de la fe católica, la cual se castigaba incluso con la muerte violenta. Sin embargo, se prohibió su jurisdicción sobre los indigenas, ya que se consideraba que estaban en proceso de conversión.
La conquista y colonización de los territorios americanos fue un proceso violento donde fue sometida la población indigena. La evangelización desempeñó un papel fundamental, ya que la religión católica era una parte integral del Imperio espanol. Este proceso impuso nuevas creencias, pues los pobladores originarios fueron obligados a aceptar un dios ajeno y desconocido, lo que propició la invalidación de su cosmovisión. Así, la colonización implicó la destrucción, total o parcial, de la cultura indigena; por tanto, el objetivo de cambiar la vida de los indigenas se relacionó con diversas transformaciones sociales de la época.
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