Resumen del conflicto con el Perú de 1941: Ecuador y Perú mantenían una disputa territorial por la soberanía amazónica desde el siglo XIX. En julio de 1941, el ejército peruano invadió Ecuador desconociendo los acuerdos de 1936, ocupando las provincias de El Oro y Loja y avanzando hasta el Guayas. El ejército ecuatoriano carecía de preparación y recursos. Argentina, Brasil, EE.UU. y Chile mediaron y, el 29 de enero de 1942, se firmó el Protocolo de Paz y Límites de Río de Janeiro, mediante el cual Ecuador perdió más de 200.000 km² amazónicos. El descubrimiento del río Cenepa entre los ríos Santiago y Zamora impidió la demarcación y prolongó las disputas cinco décadas más.

Un elemento que influyó en el fin del gobierno de Carlos Alberto Arroyo del Río fue la pérdida territorial tras la guerra con el Perú, que generó un fuerte sentimiento de derrota nacional y culpabilidad sobre el gobierno. A esto se sumó la represión contra los opositores mediante los carabineros, el favoritismo electoral hacia Ángel Albornoz (con sospecha de fraude) y el deterioro económico (67% de la población con sueldos de apenas 146 sucres). Todo esto provocó la revolución de La Gloriosa el 28 de mayo de 1944, que lo derrocó.